三明神社は往古「三明印珠宮」とも称され、当社の四所別宮のなかで最も重視された第一別宮とされている。祭神は本宮の荒魂（あらみたま）で、平成五年三月二十五日、古くからの由緒に基づき御本殿裏に再建された。